制药工业废水通常属于较难处理的高浓度有机废水之一，处理方法有生物处理技术、物化处理技术、化学处理技术以及多种方法的组合处理等,各种处理技术具有各自的优势也存在不足。
生物处理技术是目前制药废水广泛采用的处理技术，其中活性污泥是比较成熟的技术之一。采用生物处理技术消除有机污染物是为的方式，大体上包括好氧生物法、厌氧生物法、好氧-厌氧等组合方法。
好氧生物处理:由于制药废水大多是高浓度有机废水,进行好氧生物处理时一般需对原液进行稀释,因此动力消耗大,且废水可生化性较差,很难直接生化处理后达标排放,所以单独使用好氧处理的不多,一般需进行预处理。常用的好氧生物处理方法包括活性污泥法、加压生化法、深井曝气法、生物接触氧化法、生物流化床法、氧化沟法。
厌氧生物处理:目前国内外处理高浓度有机废水主要是以厌氧法为主,但经单独的厌氧方法处理后出水COD仍较高,一般需要进行后处理(如好氧生物处理)。目前仍需加强厌氧反应器的开发设计及进行深入的运行条件研究。在处理制药废水中应用较成功的有复合式厌氧反应器、上流式厌氧污泥床反应器、厌氧膨胀颗粒污泥床反应器等。
厌氧-好氧组合处理:厌氧处理和好氧处理各有优缺点，厌氧工艺能够承受更高的进水有机物浓度和负荷，能降低运行耗能，且可回收能源，但操作管理比较复杂，出水的COD仍然较高，难以达标排放;好氧处理工艺可以更*地降解废水中的有机物，但高浓度有机废水直接进行好氧处理时，需要对原废水进行高倍数的稀释，同时消耗大量能源。将两种工艺组合串联起来，可以发挥各自的优点，弥补不足。厌氧-好氧组合工艺成为了现今处理包括制药废水在内的高浓度有机废水的主流工艺。
此种处理技术工艺路线为：前处理-厌氧-好氧组合工艺。前处理的主要方法有生物水解酸化、沉淀、絮凝、过滤等。优先采用的厌氧工艺主要采用上流式厌氧污泥床反应器以及上流式厌氧污泥床过滤器。好氧工艺主要采用生物接触氧化、好氧流化床和序批式间歇反应器。
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