通过物理和化学的综合作用使废水得到净化，主要有混凝法、吸附法、气浮法、电解法和膜分离法等。混凝法通过投加化学药剂，使其产生吸附、中和微粒间电荷、压缩扩散双电层而产生的凝聚作用。破坏了废水中胶体的稳定性，使胶体微粒相互聚合、集结，在重力作用下沉淀.并予以分离除去。制药废水处理中常用的混凝剂有聚合硫酸铁、聚合氯化铝、聚丙烯酰胺等，该法会产生大量的化学污泥，造成二次污染，出水的pH较低，含盐量高，且氨氮的去除率较低，因此常作为制药废水的预处理。
气浮法利用高度分散的微小气泡作为载体，黏附废水中的污染物，由于黏附有污染物的微小气泡密度小于水而上浮到水面，从而实现处理废水的目的。该法具有少、能耗低、工艺简单、维修方便等优点，但不能有效地去除可溶性有机物。常用来处理、、等悬浮物含量较高的制药废水。
电解法借助外加电流的作用，产生一系列化学反应，使废水中的有害杂质以转化的形式而被去除。它是通过两极产生的新生态的氧和新生态的氢使废水中污染物得到净化。新生态的氧对水中有枷化合物和无机化合物进行氧化，新生态的氢将处=互化态的某些色素还原成无色物质.达到较高的月生效果。
废水电解处理包括电极表面电化学作角、间接氧化、间接还原、电浮选和电絮凝等过程。它们分别以不同的作用去除废水中的污染物。膜分离法是个物理过程，有过滤和浓缩的作用，能处理高浓度、生化性差或传统方法难以处理的制药废水，且COD的高低对处理效果影响不大。膜分离法具有设备简单、操作方便、无相变及化学变化、处理效率高和节约能源等优点，但还存在膜组件价格高与膜污染等问题。
