PCR实验室设计的问题是如何避免污染，在实际工作中。常见的有扩增产物的污染；天然基因组DNA的污染；试剂的污染；标本间的污染等等。同时，这一类实验室所产生的废水成分复杂，一般都含有铅、汞、铬、六价铬、铜、铝、锰等重金属以及大量细菌、病毒、虫卵等致病病原体，还有化学药剂、放射性同位素、各种器皿的洗涤而产生的废水等。
这些实验室废水如果不经过处理就直接排入下水道，会严重污染环境，甚至会威胁到人类健康。因此，我们在处理这些废水时应遵循以下原则：
1、全过程控制原则
对实验室各类废水的产生、处理、排放的全过程应进行控制。
2、减量化原则
严格要求实验室废水处理管理体系，在废水和污染物发生原处进行严格控制和分离，将各类废水进行分类收集、源头控制、清污分流。严禁将实验室废水直接排入下水道。
3、分类指导原则
根据实验室不同性质、规格、废水排放去向以及排放要求对实验室废水进行分类指导。
4、达标与风险控制相结合原则
全面考虑不同实验室所产生废水达标排放的基本要求，同时加强风险控制，从工艺技术、工程建设和监督管理等方面提高应对突发性时间的能力。
5、生态原则
有效去除废水中有害物质，较少处理过程中消毒副产物产生和控制出水中过高余氯，保护生态环境。
