好氧发酵生产的有机肥更好，因为这种方式是在无害的条件下，通过微生物对有机物质降解成有机肥原料的，能消灭部分病原菌和杂草种子，提高肥料的营养价值，好氧发酵全过程是无臭的，反而有淡淡的泥土味。

      而厌氧发酵一般会产生对作物不利的物质，例如会产生甲烷、乳酸等有机酸，而甲烷等属于温室气体，会污染空气，这些有机酸物质会弱化作物的根，因此厌氧发酵产生的有机肥的营养价值相对较低，而且厌氧发酵装置投资较大，通常容易发出臭味。

      综上所述，与厌氧相比，好氧发酵全过程是无害的，而且有机肥原料的营养价值高，还能实现除臭杀菌的目标。