医疗废水处理的基本方法有三类：物理法、化学法和微生物法，目前医院更多采用的是化学方法，物理方法主要是是针对医院废水进行沉淀、分离、冷热处理等操作。化学方法在医院废水处理中应用更为广泛，目前常用的方法包括：氯化消毒法、氧化剂消毒法、辐射消毒等，微生物处理法作为当前科技附加值较高的方法，逐步受到了人们的青睐。
物理处理方法
沉淀过滤法
沉淀法是医疗废水物理处理的重要方面，主要原理是利用医疗废水中悬浮污水的密度和污染物不同，按照重力沉浮的原理，把医疗污水中的悬浮物分离出来。利用过滤介质截流污水中的悬浮物。过滤介质有钢条、筛网、砂布、塑料、微孔管等，常用的过滤设备有格栅、栅网、微滤机、砂滤机、真空滤机、压滤机等，把污水分离出去。
离心分离方法
在医院医疗废水处理中，含有悬浮污染物质的污水在高速旋转，由于悬浮颗粒(如乳化油)和污水受到的离心力大小不同而被分离的方法。常用的离心设备按离心力产生的方式可分为两种：由水流本身旋转产生离心力的为旋流分离器，由设备旋转同时也带动液体旋转产生离心力的为离心分离机。旋流分离器分为压力式和重力式两种。因它具有体积小、单位容积处理能力高的优点，近几十年来广泛用于轧钢污水处理及高浊度河水的预处理。离心机的种类很多，按分离因素分有常速离心机和高速离心机。化学处理方法氯化消毒法氯化消毒法是在我国应用为广泛的一种方法。常见的有次氯酸钠法、和二氧化氯法等。
氧化剂消毒法
臭氧也是一种的消毒剂，具有刺激性气味，且具有不稳定性。臭氧具有高的氧化还原电位，能够有效讲解有机物，破坏分解细菌的细胞，并且终杀死细胞。臭氧能够消灭生命力顽强的病毒、芽孢等微生物。经过臭氧处理后，除菌率高达99.985%-99.998%，亚硝酸盐类去除率为79.5%，色度的去除率为77%。臭氧杀菌*，杀菌快，且不受外界环境影响。但是臭氧消毒也有一定的局限性，那就是臭氧本身不稳定，容易在水中分解，而且臭氧消毒设备昂贵。
辐射消毒法
辐射消毒主要是指利用电离辐射杀灭致病微生物的能力对一次性医疗用品进行消毒。紫外线消毒是一种方便的方法，也是一种物理消毒法，利用紫外线功能消灭病原微生物。紫外线在波长(280-200nm)的杀菌消毒效果佳。紫外线消毒用于医疗废水处理的原理：利用紫外线光子的能量破坏水中的各种病毒和细菌的遗传物质DNA，破坏其DNA结构，达到消灭病菌的目的。该种医疗废水处理方法的优点是费用低、小、时间短。
曝气生物滤池法
医疗废水主要来自手术室、病房、洗衣房等，其主要的污染物为病毒、微生物及其有机污染物。采用氯化法等消毒能够达标，但是不能有效去除有机物。
