建筑防护区主要指动物实验室所在的实验室建筑。实验室建筑内有动物设施和其它设施之分，其它设施可以与动物设施有关，也可以无关；动物设施可以就是实验室建筑的主体，也可以是其部分。需要考虑的主要问题是动物设施环境与实验室建筑物内其它区域环境的相互隔离与相互关系，人员、动物、物料和废物的进出路线。使用时，动物设施及其相关的设施宜集中布置，从事感染动物活动的设施需要单独布置。实验室建筑除主入口外，要考虑设置动物、大型设备和废物的出口和入口。
出于考虑，必须评估和明确对门窗的性能要求。在合理控制数量的前提下，对门窗的大小、形状、耐冲击能力、耐火性、保温性、光学特性等均要有要求。可能的风险来自于异常的气候、自然灾害、人为破坏、设备异常等，如，通风系统的异常可造成室内压力急剧变化，造成门窗损坏。
在竖向布局方面，动物实验室宜布置在低层，以方便运输动物和物料。较大型的实验动物设施通常有相对复杂的通风空调系统和污水处理系统，常采用所谓“三明治”结构。这种结构的特点是设备维护方便，如果设计有备份系统，可以实现真正意义上的连续工作，避免影响实验活动。国内一些设施，将管道等放入设备夹层(吊顶)，虽可以降低总层高和节省建设费用，但狭小的空间不利于维护设备和进行性能检测，从来看，增加的维护费用、改造费用可能会远远大于当初节省的费用。此外，这类设施的可变性小，一旦相关的要求发生变化，可能面临难以改造的风险。
